中心在学校职能部门的指导下，实行主任负责制，定期召开会议，形成了职责明晰的二级管理体制与运行模式。近五年，中心更新完善了50项管理规章制度，涵盖了教学和实验室管理各个方面，保证了中心的高效规范运行，未发生任何安全责任事故。具体的管理制度包括：
（1）实验室管理制度
《上海应用技术大学实验室安全与环境检查管理规定》（上应资〔2019〕8号）
《上海应用技术大学实验废弃物处置管理办法》（上应资〔2019〕9号）
《上海应用技术大学实验室安全培训及准入制度》（上应资〔2019〕14号）
《上海应用技术大学学生实验室守则》（上应资〔2019〕19号）
《上海应用技术大学实验室工作助理管理办法》（上应资〔2019〕22号）
《上海应用技术大学实验室安全事故应急处理方案》（上应资〔2019〕25号）
《上海应用技术大学假期实验室使用与安全管理规范》（上应资〔2019〕27号）
《结构与安全工程实验室工作守则》（上应城建实验中心〔2019〕1号）
《结构与安全工程实验室安全卫生协议书》（上应城建实验中心〔2019〕2号）
《建筑与土木工程实验中心工作人员守则》（上应城建实验中心〔2020〕1号）
《建筑与土木工程实验中心学生实验守则》（上应城建实验中心〔2020〕2号）
《建筑与土木工程实验中心实验室安全管理制度》（上应城建实验中心〔2020〕3号）
《建筑与土木工程实验中心建设与管理办法》（上应城建实验中心〔2021〕1号）
《建筑与土木工程实验中心主任岗位职责》（上应城建实验中心〔2021〕2号）
《上海应用技术大学实验室安全事故时间追责问责办法》（上应资〔2023〕11号）
（2）设备管理制度
《上海应用技术大学实验室冰箱（冰柜）安全使用管理规定》（上应资〔2019〕3号）
《上海应用技术大学实验材料、低值品及易耗品管理办法》（上应资〔2019〕4号）
《上海应用技术大学贵重仪器设备管理办法》（上应资〔2019〕6号）
《上海应用技术大学化学品管理平台运行管理办法》（上应资〔2019〕11号）
《上海应用技术大学实验气体钢瓶使用管理实施细则》（上应资〔2019〕12号）
《上海应用技术大学实验室常用加热设备安全使用管理规定》（上应资〔2019〕13号）
《上海应用技术大学实验场所个体防护装备管理制度（试行）》（上应资〔2019〕15号）
《上海应用技术大学大型仪器设备开放共享管理办法》（上应资〔2019〕16号）
《上海应用技术大学实验室特种设备安全管理办法》（上应资〔2019〕26号）
《上海应用技术大学贵重仪器设备管理办法》（上应资〔2020〕13号）
《建筑与土木工程实验中心耗材使用管理规定》（上应城建实验中心〔2020〕4号）
《建筑与土木工程实验中心设备、材料采购使用管理规定》（上应城建实验中心〔2020〕5号）
《低值易耗品管理制度》（上应城建实验中心〔2021〕3号）
《实验器材损坏赔偿办法》（上应城建实验中心〔2021〕4号）
《贵重仪器设备资源共享管理和收费使用办法》（上应城建实验中心〔2022〕2号）
《上海应用技术大学化学品管理平台运行管理办法》（上应资〔2022〕10号）
《上海应用技术大学采购管理办法》（上应资〔2022〕11号）
《上海应用技术大学低值耐久品处置管理办法（试行）》（上应资〔2022〕6号）
《上海应用技术大学500万元（不含）以下国有资产处置审批实施细则（试行）》（上应资〔2022〕16号）
《上海应用技术大学固定资产管理办法（修订）》（上应资〔2023〕12号）
《建筑与土木工程实验中心采购管理实施办法》（上应城建实验中心〔2023〕2号）
（3）教学管理制度
《综合性、设计性与创新性实验项目设置与验收评价实施办法》（上应教〔2019〕62号）
《实习教学工作管理办法》（上应教〔2019〕66号）
《课程设计教学工作管理办法》（上应教〔2019〕67号）
《教学实验建设项目管理办法》（上应教〔2019〕69号）
《校企合作课程管理办法》（上应教〔2019〕71号）
《上海应用技术大学本科生在线教学工作方案》（上应教〔2020〕1号）
《上海应用技术大学实验室工作先进集体和先进工作者评选办法》（上应资〔2021〕7号）
《上海应用技术大学本科教学质量标准（2021 版）》（上应教〔2021〕23号）
《上海应用技术大学关于改进本科课程考核分析报告的实施办法》（上应教〔2021〕25号）
《上海应用技术大学关于学院本科教学质量保障体系建设的指导意见》（上应教〔2021〕25号）
《建筑与土木工程实验中心实验教学管理制度》（上应城建实验中心〔2022〕1号）
《建筑与土木工程实验中心关于本科教学实验室建设的有关规定》（上应城建实验中心〔2022〕3号）
《建筑与土木工程实验中心学生实验考核及评价方法》（上应城建实验中心〔2023〕1号）
