为了保证中心高效规范的运行，学校和中心制定了 20 余项管理规章制度。实验室管理部门每年定期开展实验教学的审核工作。由教务处、学院教学院长、专业负责人、课程负责人、教学骨干、教学督导等组成审核小组，结合本课程的最新改革趋势，重点审核综合性、设计性实验开设情况，对不合格的限期整改，促使实验教学规范化。具体的管理制度包括：
（1）实验室管理制度
《上海应用技术大学实验室工作规程》（上应资〔2019〕65号）
《上海应用技术大学假期实验室使用与安全管理规范》（上应资〔2019〕27号）
《上海应用技术大学实验室安全事故应急处理方案》（上应资〔2019〕25号）
《上海应用技术大学实验室安全培训及准入制度》（上应资〔2019〕14号）
《上海应用技术大学实验室安全与环境检查管理规定》（上应资〔2019〕8号）
《上海应用技术大学实验室安全管理办法》（上应资〔2017〕3号）
《城市建设与安全工程学院实验室安全管理制度》（上应城〔2018〕05号）
《结构与安全工程实验室工作守则》（上应城建中心〔2017〕03号）
《结构与安全工程实验室安全卫生协议书》（上应城建中心〔2017〕05号）
《建筑与土木工程实验中心开放管理办法》（上应城建中心〔2016〕05号）
《建筑与土木工程实验中心工作人员守则》（上应城建中心〔2016〕04号）
《建筑与土木工程实验中心技术人员岗位职责》（上应城建中心〔2016〕03号）
《建筑与土木工程实验中心主任岗位职责》（上应城建中心〔2016〕02号）
《校级实验教学示范中心建设与管理办法》（上应城建中心〔2016〕01号）
（2）设备管理制度
《上海应用技术大学实验室特种设备安全管理办法》（上应资〔2019〕26号）
《上海应用技术大学大型仪器设备开放共享管理办法》（上应资〔2019〕16号）
《上海应用技术大学实验场所个体防护装备管理制度（试行）》（上应资〔2019〕15号）
《上海应用技术大学实验室常用加热设备安全使用管理规定》（上应资〔2019〕13号）
《上海应用技术大学实验设备维修经费使用与管理办法》（上应资〔2019〕7号）
《上海应用技术大学贵重仪器设备管理办法》（上应资〔2019〕6号）
《上海应用技术大学实验材料、低值耐久品及易耗品管理办法》（上应资〔2019〕4号）
《上海应用技术大学仪器设备损失赔偿办法》（上应资〔2016〕6号）
《城建学院关于大精设备管理及收费办法(试行)》（上应城〔2016〕08号）
《建筑与土木工程实验中心仪器设备的管理办法》（上应城建中心〔2016〕06号）
（3）教学管理制度
《上海应用技术大学教学实验建设项目管理办法》（上应教〔2019〕69号）
《上海应用技术大学学生实验室守则》（上应资〔2019〕19号）
《城建学院关于本科教学实验室建设的相关规定》（上应城〔2017〕03号）
《建筑与土木工程实验中心实验教学管理制度》（上应城建实验中心〔2016〕07号）
《建筑与土木工程实验中心学生实验考核及评价方法》（上应城建中心〔2013〕01号）
